DNA甲基化對基因表達調(diào)控起著動態(tài)的重要作用。 借助MethylationEPIC BeadChip，研究人員可以基于單核苷酸分辨率定量檢測基因組中的850,000多個甲基化位點。包括FFPE在內(nèi)的多重樣本可以并行分析，以便在每樣本比較低成本的情況下實現(xiàn)高通量...

DNA甲基化（DNA methylation）是指在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶（DNMT）催化下，以S-腺苷甲硫氨酸為甲基供體，將活性甲基轉(zhuǎn)移至DNA鏈中特定堿基上的化學修飾過程。哺乳動物基因組中，DNA甲基化多發(fā)生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。DNA甲基化...

體液樣本收集外泌體。 尿液可通過無創(chuàng)的方式收集并且含有泌尿系統(tǒng)發(fā)生疾病時（包括**）產(chǎn)生的外泌體，其性質(zhì)穩(wěn)定且RNA含量高于尿液中的細胞內(nèi)的RNA。 1、尿液的收集： 1）.盡量選擇受試者的“新鮮”尿液，并注意避免細菌污染。受試者的親屬（性別相...

體液樣本收集外泌體，唾液需要注意的事項： 1）、包括采樣部位；到目前為止，大部分的唾液EVs分析，其樣本來自整個唾液，然而，不同腺體分泌的EVs量和成分肯定不一樣，所以需要對樣本采集標準化，根據(jù)不同的研究需要，選取不同的部位來收集唾液。 2）、...

線粒體基因組與疾病研究：線粒體是生物細胞內(nèi)的能量工廠，具有單獨的基因組。線粒體是核外**含有遺傳效應(yīng)物質(zhì)的細胞器,能夠**進行基因的轉(zhuǎn)錄、翻譯和蛋白質(zhì)的表達，起基因組約占人類基因組的1%，比核DNA突變率高約10倍,損傷修復能力比核DNA低。研究線粒體基因組序...

亞硫酸鹽結(jié)合測序是DNA甲基化檢測的“金標準”方案。除了全基因組甲基化測序等研究手段，對于目標基因/位點檢測或者轉(zhuǎn)化醫(yī)學應(yīng)用研究來說，需要靈活的靶向甲基化測序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)結(jié)合高通量測序的TargetB...

ssGSEA（single sample GSEA）主要針對單樣本無法做GSEA而提出的一種實現(xiàn)方法，原理上與GSEA是類似的。ssGSEA根據(jù)表達譜文件計算每個基因的rank值，再進行后續(xù)的統(tǒng)計分析。通過這個方法，我們可以得到每個樣本的免疫細胞或者免疫功...

GeneInteraction基因互作：基因相互作用指miRNA、lncRNA、circRNA或其它RNA介導DNA轉(zhuǎn)錄，從而影響mRNA的表達過程。通俗意義上來說，基因互作關(guān)系指基于序列預(yù)測的靶基因?qū)?。miRNA通過與靶mRNA的結(jié)合，或促使mR...

甲基化敏感性高分辨率熔解曲線分析(MS-HRM) 通過熔解曲線分析可以將單堿基序列的差異轉(zhuǎn)變成熔解曲線的差異，因此DNA樣本經(jīng)過亞硫酸氫鹽處理后，甲基化與未甲基化DNA會存在序列差異，這種差異可通過熔解曲線分析來發(fā)現(xiàn)。使用該方法進行甲基化分析...

industryTemplate常見的300種人、小鼠和大鼠基因表達Assay均已在QIAcuity數(shù)字PCR平臺上經(jīng)過驗證。天津Digital PCR數(shù)字PCR服務(wù)與傳統(tǒng)qPCR技術(shù)相比，數(shù)字PCR技術(shù)具有極高的靈敏度、特異性和精確性，但截止目前而言，數(shù)字P...

cdPCR主要以Fluidigm公司的BioMark HD系統(tǒng)以及Life Technology公司的QuantStudio 3D系統(tǒng)為**。Bio Mark系統(tǒng)采用微泵閥式芯片，以聚二甲基硅氧烷為芯片材料，主要依靠微流控通道與閥門的開閉進行原始體系分割，在芯...

聚合酶鏈式反應(yīng)(polymerasechainreaction，PCR)提出至今已有20年時間，期間PCR已發(fā)展成為分子生物學領(lǐng)域的一項關(guān)鍵技術(shù)和常規(guī)技術(shù)，極大地推動了生命科學各個領(lǐng)域的發(fā)展。特別是90年代后期，美國ABI公司推出的實時熒光定量PCR(real...

Hepatic stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA methylation landscape. J Hepatol. 20

GeneBodyProfile（對比不同的樣品在某一區(qū)域的信號特征，不**于ChIP-seq、DNase-seq、ATAC-seq數(shù)據(jù)）：GeneBodyProfile表觀遺傳修飾和對基因表達、細胞發(fā)育等過程有著深遠的影響，但相關(guān)的研究還未完善。通...

亞硫酸鹽結(jié)合測序是DNA甲基化檢測的“金標準”方案。除了全基因組甲基化測序等研究手段，對于目標基因/位點檢測或者轉(zhuǎn)化醫(yī)學應(yīng)用研究來說，需要靈活的靶向甲基化測序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)結(jié)合高通量測序的TargetB...

亞硫酸鹽結(jié)合測序是DNA甲基化檢測的“金標準”方案。除了全基因組甲基化測序等研究手段，對于目標基因/位點檢測或者轉(zhuǎn)化醫(yī)學應(yīng)用研究來說，需要靈活的靶向甲基化測序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)結(jié)合高通量測序的TargetB...

bubbles（不同分組的基因表達或通路富集展示）： Bubbles可以同時展示pvalue和表達量。例如展示motif的pvalue和motif對應(yīng)的轉(zhuǎn)錄因子的表達量，方便快速看出轉(zhuǎn)錄因子富集且高表達所在的group，預(yù)示著該分組對細胞狀態(tài)的改變（例如細...

bubbles（不同分組的基因表達或通路富集展示）： Bubbles可以同時展示pvalue和表達量。例如展示motif的pvalue和motif對應(yīng)的轉(zhuǎn)錄因子的表達量，方便快速看出轉(zhuǎn)錄因子富集且高表達所在的group，預(yù)示著該分組對細胞狀態(tài)的改變（例如細...

體液樣本收集外泌體，腦脊液。 腦脊液中的外泌體含量雖然較其他體液如血液少，但可作為神經(jīng)系統(tǒng)疾病的潛在生物標志物。腦脊液相對較為穩(wěn)定，但仍需注意以下方面： 1、CSF采集時避免CSF受血液污染 2、對照標本的獲取 ...

下游分析針對LASSO獲得的基因模型（或稱基因Panel）的驗證：1.計算風險指數(shù)RiskScore2.繪制ROC曲線、DCA曲線、列線圖進行驗證3.繪制生KM存曲線對基因模型中的基因進行解釋和分析：1.基因注釋2.靶向藥物分析應(yīng)用示例：文獻1：P...

t-SNE（t分布隨機鄰域嵌入）是一種用于探索高維數(shù)據(jù)的非線性降維算法。它將多維數(shù)據(jù)映射到適合于人類觀察的兩個或多個維度。t-SNE非線性降維算法通過基于具有多個特征的數(shù)據(jù)點的相似性識別觀察到的簇來在數(shù)據(jù)中找到模式。另外t-SNE的輸出可以作為其他...

Nature：從血液通過exosomes入手早期確診**。原文標題：Glypican-1identifiescancerexosomesanddetectsearlypancreaticcancer。原文摘要：Exosomes are lipid-...

復旦大學腦科學研究院朱劍虹教授、基礎(chǔ)醫(yī)學院沙紅英博士研究組與安徽醫(yī)科大學曹云霞研究組合作，創(chuàng)新性進行極體基因組移植用于預(yù)防遺傳線粒體疾病研究。該研究論文于2014年6月在國際刊物《細胞》上發(fā)表。論文**作者單位包括復旦大學醫(yī)學神經(jīng)生物學國家重點實驗...

基因組組裝：首先，利用ABySS v2.0.2初步組裝Illumina測序數(shù)據(jù)，然后利用blasR比對Pacbio三代數(shù)據(jù)，根據(jù)比對結(jié)果對單分子測序數(shù)據(jù)進行一次矯正與糾錯，目的在于減少單分子長序列中單堿基、插入缺失的錯誤；***利用糾正過的單分子測序數(shù)據(jù)與二代...

**多組學研究：與中山大學附屬***醫(yī)院研究團隊合作，在難以獲得復發(fā)轉(zhuǎn)移肝*組織樣本的前提下，根據(jù)現(xiàn)有文獻進行算法還原、建模及數(shù)據(jù)庫挖掘，獲取公共數(shù)據(jù)庫中已有肝*樣本（尤其是復發(fā)轉(zhuǎn)移）RNA-seq、單細胞測序和部分蛋白組學數(shù)據(jù)，重新進行分析，幾乎是零基礎(chǔ)進行...

云生物開發(fā)了擁有自主知識產(chǎn)權(quán)的項目管理系統(tǒng)，該系統(tǒng)是一款針對**科研項目進行實時**及狀態(tài)反饋的系統(tǒng)軟件。該系統(tǒng)實時**項目進展各個環(huán)節(jié)、提高科研工作者和服務(wù)商間的溝通效率、規(guī)范項目進度監(jiān)管，***掌控項目的服務(wù)周期，讓云生物客戶更好的享受服務(wù)！本系統(tǒng)軟件目前...

細胞上清（需采用去除外泌體的培養(yǎng)基）： (1) 細胞在正常含有血清的培養(yǎng)基中培養(yǎng)一定時間，貼壁細胞密度在70 %-80 %，懸浮細胞密度在60 %-70 %； (2) 對于貼壁細胞，去除原有培養(yǎng)基，換為新的不含外泌體的培養(yǎng)基或者無血...

技術(shù)優(yōu)勢： 1. 業(yè)內(nèi)**的mtDNA&cpDNA富集抽提服務(wù)：自主研發(fā)的細胞器基因組富集提取技術(shù)，高效實現(xiàn)高質(zhì)量細胞器基因組富集。 2. 一對一的生物信息分析，人工基因注釋矯正：告別在線注釋平臺的偏差，滿足NCBI數(shù)據(jù)庫上傳要求，高質(zhì)量結(jié)果交...

三種五味子科葉綠體基因組編碼113個獨特基因，包括79個蛋白質(zhì)編碼基因，30個tRNA基因和4個rRNA基因。其中，4個蛋白質(zhì)編碼基因，4個rRNA基因和5個tRNA基因在IR區(qū)域中重復；18個基因含有內(nèi)含子，clpP和ycf3含有兩個內(nèi)含子；rp...

葉綠體多態(tài)基因組SSR的開發(fā)和驗證：葉綠體基因組具有古老的遺傳模式，對進化過程具有獨特見解，cpSSR基因座通常分布在整個非編碼區(qū)域，其序列變異高于編碼區(qū)，cpSSR標記可用于揭示群體遺傳變異和系統(tǒng)地理學模式。在Oresitrophe和Mukden...