定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究：2022年2月，上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院食用菌研究所鮑大鵬研究員課題組在《FrontiersinMicrobiology》期刊發(fā)表的題為“OxidativeStressandAutophagyAreImportantProcessesinPostRipenessandBrownFilmFormationinMyceliumofLentinulaedodes”的研究成果，通過(guò)iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)、GC-MS非靶向代謝組學(xué)等技術(shù)對(duì)香菇菌絲進(jìn)行定量蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)氧化應(yīng)激和自噬是香菇菌絲后熟轉(zhuǎn)色重要過(guò)程，并對(duì)其在蛋白質(zhì)組和代謝組水平上的分子機(jī)制有了新的認(rèn)識(shí)。涉及的歐易/鹿明生物服務(wù)產(chǎn)品：iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)、GC-MS非靶向代謝組學(xué)單細(xì)胞組學(xué) 單細(xì)胞蛋白組學(xué) 蛋白質(zhì)組學(xué) 。上海蛋白組學(xué)的ipa分析
使用TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析，與GFP-群體相比，在GFP+細(xì)胞中TM處理后，線粒體復(fù)合物IV的多個(gè)亞基被特異性下調(diào)，對(duì)下調(diào)的蛋白質(zhì)進(jìn)行基因本體 (GO)分析，顯示參與線粒體電子傳遞鏈 (ETC) 的通路富集。同時(shí)作者還分析了從人 LM2 細(xì)胞系中分選的 LM2 GFP+和 GFP- 細(xì)胞，在 TM 處理 48 小時(shí)后蛋白組學(xué)分析，揭示了GFP+細(xì)胞優(yōu)先富集，同時(shí)揭示了線粒體 ETC 相關(guān)的通路。因此，TM 處理特別影響具有更高細(xì)胞內(nèi)銅水平的 SOX2/OCT4+ 細(xì)胞中的線粒體 ETC 通路。蛋白質(zhì)組學(xué)分析確定了富含線粒體功能的途徑。細(xì)胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒體金屬酶，是線粒體ETC的終末酶。上海差異蛋白組學(xué)和itraq蛋白組學(xué)檢測(cè)一個(gè)樣多少錢。
為了驗(yàn)證iTRAQ標(biāo)記蛋白組學(xué)分析測(cè)定的蛋白積累變化，選擇兩種蛋白進(jìn)行westernblot分析。如圖4A所示，iTRAQ分析中兩種蛋白(RPD3和VMA3)的積累每次均與westernblot數(shù)據(jù)一致。RPD3、TOR1、VMA3和VAC8在基因水平上的相對(duì)表達(dá)量與蛋白水平相似，在BF的菌絲中也表達(dá)上調(diào)(圖4B-D)。VAC8在2－1、3－1、4－1組的基因水平上高度上調(diào)。這些結(jié)果表明，這些上調(diào)的表達(dá)蛋白可能是香菇BF形成的重要蛋白。本研究利用標(biāo)記定量(iTRAQ)蛋白質(zhì)組學(xué)、基于氣相色譜-質(zhì)譜的代謝組學(xué)GC-MS非靶向代謝組學(xué)和透射電鏡分析細(xì)胞結(jié)構(gòu)，研究了香菇菌絲后熟轉(zhuǎn)色形成的機(jī)制，并且***證明氧化應(yīng)激和自噬過(guò)程是至關(guān)重要，為后續(xù)進(jìn)一步的研究提供了新的見(jiàn)解。
4D蛋白質(zhì)組學(xué)分析發(fā)現(xiàn)，不同的病因和疾病的嚴(yán)重程度中蛋白表達(dá)存在差異。嚴(yán)重的疾病同急性期的蛋白的增加，補(bǔ)體系統(tǒng)蛋白及功能相關(guān)的蛋白相關(guān)；通過(guò)COVID-19和健康組對(duì)比，發(fā)現(xiàn)了49%的差異分析物；和膿毒癥相比，G-CSF，IL-8等在嚴(yán)重的COVID-19患者中含量更低；蛋白和臨床相關(guān)性分析則發(fā)現(xiàn)臨床特征和某些蛋白呈強(qiáng)相關(guān)性。本研究通過(guò)4D蛋白組學(xué)技術(shù)結(jié)合其他組學(xué)技術(shù)及免疫技術(shù)，確定了COVID-19免疫特征和宿主反應(yīng)等相關(guān)因素，并為進(jìn)一步COVID-19的***打下了良好的基礎(chǔ)。蛋白組學(xué)翻譯后修飾篩選,檢測(cè),鑒定,定性,定量。
蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析鑒定出了幾種參與肝葡萄糖脂代謝的蛋白質(zhì)（ACC、FASN、SCD1、CPT1A、GLUT2、GK、GS、G6Pase、PEPCK）。此外，AC顯示出抑制脂肪生成酶（ACC，F(xiàn)ASN和SCD1）表達(dá)的趨勢(shì)，同時(shí)***上調(diào)了GLUT2。與對(duì)照組相比，AC***增加了PEPCK的表達(dá)，兩種化學(xué)物質(zhì)對(duì)G6Pase均無(wú)***影響（圖4A）。PRM蛋白靶向驗(yàn)證測(cè)定結(jié)果與蛋白質(zhì)組變化相一致，這進(jìn)一步證實(shí)了蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)中蛋白質(zhì)的表達(dá)（圖4B）。轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)聯(lián)合分析結(jié)果顯示AC和AL***改善了線粒體功能。GSEA分析顯示，處理組的氧化磷酸化（OXPHOS）通路***上調(diào)，AC組和AL組的富集得分分別為0.826和0.535。蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)簡(jiǎn)介及應(yīng)用場(chǎng)景。山東itraq蛋白組學(xué)多少錢
歐易鹿明生物基于質(zhì)譜技術(shù),生物信息學(xué)方法,提供蛋白質(zhì)組學(xué)。上海蛋白組學(xué)的ipa分析
綜上所述，本研究應(yīng)用RNA-seq轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)合iTRAQ蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)，探討油茶種子不同成熟期儲(chǔ)量積累的動(dòng)態(tài)變化。此外，作者還探討了黃酮類化合物和脂肪酸的生物合成和代謝可能的調(diào)控機(jī)制。許多功能轉(zhuǎn)錄本(16530)和蛋白質(zhì)物種(1228)的模式發(fā)生了***變化，其中317個(gè)DAPs被轉(zhuǎn)錄組結(jié)果覆蓋。結(jié)合結(jié)構(gòu)基因(蛋白)或轉(zhuǎn)錄因子的表達(dá)譜及相應(yīng)化合物的含量，對(duì)重要代謝產(chǎn)物的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行了探討。結(jié)果表明，黃酮類化合物的合成能力在種子成熟過(guò)程中逐漸減弱，而脂肪酸的合成能力則先升高后下降。上海蛋白組學(xué)的ipa分析
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