重慶ATAC測序分析

來源: 發(fā)布時間:2022-05-31

單細胞轉錄組測序是在單細胞水平上高通量測序分析基因表達譜的技術,突破傳統(tǒng)高通量測序的局限性,組織解離后,單個樣本一次上機能捕獲500-20000個細胞, 基于每個細胞分別建庫測序,獲得單個細胞的基因結構和基因表達狀態(tài),并鑒定細胞的類型,可以在不同樣本間從細胞類型的組成和豐度角度進行比較,反映細胞間的異質性。而2021年橫空出世的10X Genomics Chromium X平臺實現(xiàn)了單塊chip上的百萬級別通量的細胞捕獲,系統(tǒng)實現(xiàn)16個通道同時運行,每個通道可捕獲2000-20000個細胞(不混樣),并支持原Chromium Controller體統(tǒng)外的多種細胞捕獲百萬級別通量實驗,可準確鑒別稀有細胞類型和適配大規(guī)模單細胞研究。烈冰科技已建立了基于單細胞測序的高通量測序實驗多平臺。重慶ATAC測序分析

基于橋式PCR技術的簇生成可以將模版鏈迅速擴增成千上萬倍,保證過程中足夠的測序深度。測序時使用特殊標記的dNTP:1)堿基上通過敏感鍵修飾上不同的熒光基團,用于區(qū)分ATCG;2)3'端使用疊氮基團封閉,保證一次循環(huán)只上一個dNTP。每一輪循環(huán)結束時,會通過高速熒光顯微鏡記錄熒光圖像,再通入試劑除去熒光基團和疊氮基團,開啟下一循環(huán)。通過分析讀取同一位點的熒光,實時獲取模版鏈的堿基序列。由于過程中使用的化學反應并不可控,隨著循環(huán)數(shù)的增大會出現(xiàn)不同步的情況,因此Illumina的讀長只能限制在200bp左右。深圳單細胞細胞核測序多重熒光免疫組化烈冰引進國際主流空間轉錄組測序平臺,提供保留組織內部精細區(qū)域的空間信息的轉錄組測序。

基于10X Geomics 動態(tài)微流控技術,利用Tn5轉座酶酶切開放染色質,形成短片段,單細胞ATAC測序在表觀基因組學水平上,揭示單細胞染色質的可及性問題,區(qū)分細胞異質性,獲得開放染色質的位置、轉錄因子的結合位點、核小體的調控區(qū)域和染色質狀態(tài)等信息,是單細胞表觀遺傳學的重要突破:分析每個細胞數(shù)千個獨特的染色質開放區(qū)域,識別細胞類型和細胞狀態(tài);識別重要的轉錄因子,進行譜系和發(fā)育追蹤;探究驅動細胞類型和狀態(tài)之間基因表達差異的非編碼序列;探究細胞類型特異性和基因調控網(wǎng)絡特征等。是當前重要的多組學研究基因表達和表觀遺傳學的手段。

同恒檢測可以實現(xiàn)方法開發(fā)驗證、配方成分檢測、元素分析測定、綜合解決方案、結構分析確證、指定成分分析、腐蝕分析、模擬實驗、未知物成分分析、異物分析工業(yè)診斷、含量檢測測定等服務項目,業(yè)務范圍不僅涵蓋了傳統(tǒng)的日化、消費品、金屬、材料、保健食品、農(nóng)藥、紡織、涂料、醫(yī)療;還包含了現(xiàn)代熱點的5G通訊、人工智能、新能源產(chǎn)業(yè);從精密的半導體芯片、生物制藥、細菌病毒到宏觀的橋梁建筑、航天工業(yè)、工業(yè)生產(chǎn),同恒檢測始終堅持為您提供精益求精的服務。烈冰對于一個細胞群體中的每個細胞單獨進行建庫測序分析。

細胞中基因的表達是嚴格按照時間和空間順序發(fā)生,因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細胞轉錄組測序來分析。但是單細胞轉錄組測序(scRNA-Seq)在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結構,無法給出固態(tài)異質化組織中細胞空間排布信息。而空間轉錄組可以解決這個問題,其以點陣形式記錄組織切片細胞的空間信息,在保留組織形態(tài)結構的基礎上,獲得細胞/基因的空間表達特異性。自主研發(fā)PanoCell單細胞實驗測序平臺。杭州免疫組庫測序服務

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當蜂巢孔內同時落入細胞和磁珠后,接下去可以往BD Cartridge板中加入細胞裂解液對細胞進行裂解,使細胞內的RNA與磁珠上的標簽進行結合,完成每個細胞內RNA的捕獲和標記。這時,再將捕獲了RNA的磁珠進行回收,待所有質控結果確認通過后就可以進行后續(xù)的RNA反轉錄、cDNA第二鏈合成等實驗操作。而BD Cartridge板則需要再進行一次成像,獲得磁珠收集后的掃描圖,判斷磁珠是否已經(jīng)被有效收集。根據(jù)每一步的質控結果,烈冰科技(NovelBio)單細胞測序實驗團隊會根據(jù)單細胞分選的實驗結果生成實驗總結報告,判斷每一步驟是否通過質控,并得到捕獲的單細胞數(shù)量以及雙細胞比例,對整個實驗進行總結評估。若所有過程通過質控,實驗樣本即可進行下一步實驗操作。重慶ATAC測序分析

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