空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的數(shù)據(jù)分析基本分為三個(gè)階段：1. 數(shù)據(jù)的預(yù)處理部分；2. Spot點(diǎn)陣的分群與定義；3. Spot分群的功能與生物學(xué)價(jià)值。每一個(gè)部分都不可或缺，其結(jié)果都對(duì)后續(xù)的分析結(jié)果有重要影響。由于空間轉(zhuǎn)錄組的序列結(jié)構(gòu)與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的左端序列結(jié)構(gòu)是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode + UMI + 捕獲區(qū)域這樣的設(shè)計(jì)。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細(xì)胞的原始數(shù)據(jù)過(guò)濾策略即可，左端可以考慮切下捕獲區(qū)域前的序列區(qū)域作為后續(xù)分析用的序列以減少分析負(fù)荷。隨后，采用10X官方的Spatialranger的策略進(jìn)行后續(xù)分析，解析出位于空間位置中的有效的Spot表達(dá)矩陣。烈冰開(kāi)展了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞多組學(xué)以及空間轉(zhuǎn)錄組等多種產(chǎn)品在內(nèi)的全套科研解決方案。上海免疫組庫(kù)測(cè)序服務(wù)
冰凍切片的空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在RNA捕獲、文庫(kù)構(gòu)建方面，需要將組織切片貼合在帶有mRNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上，通過(guò)甲醛固定、H&E染色得到組織切片的形態(tài)結(jié)構(gòu)。再進(jìn)行透化處理，使細(xì)胞中的mRNA釋放，并結(jié)合到芯片相鄰的捕獲探針上。將捕獲的mRNA反轉(zhuǎn)錄合成cDNA并構(gòu)建測(cè)序文庫(kù)進(jìn)行上機(jī)測(cè)序，從而獲取基因表達(dá)信息?？傮w來(lái)說(shuō)，空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)驗(yàn)流程包括：組織凍存-OCT包埋-冷凍切片-固定染色-組織透化-cDNA合成及建庫(kù)-上機(jī)測(cè)序，而需要客戶(hù)進(jìn)行樣本準(zhǔn)備的步驟相對(duì)簡(jiǎn)單：組織凍存與OCT包埋。武漢單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序價(jià)格深度的單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)解讀助力生物健康醫(yī)療時(shí)代。
烈冰生物已空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)提供從一個(gè)組織切片樣本中獲取包括空間信息在內(nèi)的全部轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，從而可以區(qū)分和定位功能基因在特定組織區(qū)域內(nèi)的活躍表達(dá)。其可以檢測(cè)組織樣本中的所有基因活動(dòng)，并繪制活動(dòng)發(fā)生的位置，這將有助于科學(xué)家更好地構(gòu)建生物圖譜，并進(jìn)一步理解疾病和生物學(xué)過(guò)程。目前，空間轉(zhuǎn)錄組主要應(yīng)用于多種疾病、免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理學(xué)等研究領(lǐng)域。烈冰生物具有專(zhuān)業(yè)的實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)、豐富的切片經(jīng)驗(yàn)，配置了國(guó)際主流的儀器設(shè)備，實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)針對(duì)不同組織類(lèi)型優(yōu)化完善實(shí)驗(yàn)方案，并制定了嚴(yán)謹(jǐn)規(guī)范的實(shí)驗(yàn)室SOP流程，保證空間轉(zhuǎn)錄組切片的質(zhì)量，全優(yōu)保障測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量。
不同類(lèi)型的細(xì)胞或者在不同的條件下，活細(xì)胞中染色質(zhì)的結(jié)構(gòu)是在不斷變化的，比如說(shuō)各種應(yīng)激反應(yīng)（stimulus response）和抗逆反應(yīng)（stress response）等，也就是說(shuō)染色質(zhì)的可及性是會(huì)隨細(xì)胞類(lèi)型和外界刺激的改變而發(fā)生變化，而染色質(zhì)開(kāi)放區(qū)域的定向測(cè)序可以幫助我們了解細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄調(diào)控過(guò)程，確定開(kāi)放染色質(zhì)的位置、轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控差異、核小體的調(diào)控區(qū)域和染色質(zhì)狀態(tài)等信息，確定哪些基因在細(xì)胞中具有轉(zhuǎn)錄活性。單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序是一種比較強(qiáng)大的表觀遺傳學(xué)研究工具，在開(kāi)放染色質(zhì)圖譜繪制，細(xì)胞分化發(fā)育，疾病的致病機(jī)制，樣本微環(huán)境等方面具有極大的應(yīng)用前景。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)遍地開(kāi)花，烈冰服務(wù)讓您的生物醫(yī)學(xué)研究如虎添翼。
多樣本數(shù)據(jù)合并：Fraction of Reads Kept：合并樣本時(shí)，各樣本根據(jù)Mapped Barcoded Reads per Cell數(shù)量計(jì)算出來(lái)的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大，需要進(jìn)行Downsample處理，以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準(zhǔn)將不同樣本中細(xì)胞測(cè)序深度標(biāo)化到同一水平，從而避免因測(cè)序深度差異導(dǎo)致的基因檢測(cè)數(shù)量、基因表達(dá)水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺(tái)致力于幫助每一位客戶(hù)定制化分析數(shù)據(jù)，深入解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果，深入挖掘其背后的生物學(xué)意義；從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究，加速科研進(jìn)程！個(gè)性化制定測(cè)序項(xiàng)目方面，滿(mǎn)足從檢測(cè)基因到蛋白的多組學(xué)測(cè)序要求。武漢單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序價(jià)格
單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序可識(shí)別重要的轉(zhuǎn)錄因子，進(jìn)行譜系和發(fā)育追蹤。上海免疫組庫(kù)測(cè)序服務(wù)
其實(shí)，空間轉(zhuǎn)錄組的概念早就已經(jīng)存在了，目前已經(jīng)發(fā)表的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有 Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。但是這些方法存在操作復(fù)雜、檢測(cè)精度不準(zhǔn)確、基因和細(xì)胞檢測(cè)量的限制等問(wèn)題。10x Genomics公司升級(jí)spatial Transcriptomic后推出的Visium空間基因表達(dá)解決方案是一款商業(yè)化的高精度、高通量空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序方案。烈冰科技自2020年起，國(guó)內(nèi)率先搭建空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)平臺(tái)，聯(lián)合上線(xiàn)單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、AbSeq、單細(xì)胞TCR-Seq、單細(xì)胞ATAC-Seq(ARCHR測(cè)序）、空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序產(chǎn)品結(jié)合scRNA-Seq服務(wù)，多組學(xué)聯(lián)合助力科研人員探索時(shí)空等多維度、多角度的動(dòng)態(tài)變化的生物學(xué)信息。烈冰生物為您提供貼心的單細(xì)胞研究完整解決方案！上海免疫組庫(kù)測(cè)序服務(wù)
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司坐落在閔行區(qū)新駿環(huán)路138號(hào)2幢2F，是一家專(zhuān)業(yè)的生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開(kāi)發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢(xún)，市場(chǎng)營(yíng)銷(xiāo)策劃，市場(chǎng)信息咨詢(xún)與調(diào)查（不得從事社會(huì)調(diào)查、社會(huì)調(diào)研、民意調(diào)查、民意測(cè)驗(yàn)），從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù)，計(jì)算機(jī)、軟件及耗材（除專(zhuān)控），軟件開(kāi)發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)后方可開(kāi)展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)】公司。目前我公司在職員工以90后為主，是一個(gè)有活力有能力有創(chuàng)新精神的團(tuán)隊(duì)。公司業(yè)務(wù)范圍主要包括：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序等。公司奉行顧客至上、質(zhì)量為本的經(jīng)營(yíng)宗旨，深受客戶(hù)好評(píng)。公司力求給客戶(hù)提供全數(shù)良好服務(wù)，我們相信誠(chéng)實(shí)正直、開(kāi)拓進(jìn)取地為公司發(fā)展做正確的事情，將為公司和個(gè)人帶來(lái)共同的利益和進(jìn)步。經(jīng)過(guò)幾年的發(fā)展，已成為單細(xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序行業(yè)出名企業(yè)。