上海BD單細胞實驗服務

來源: 發(fā)布時間:2022-07-11

單細胞測序實驗再樣本細胞上機分選簽,需要對細胞數量、細胞活性進準判斷,這對Single Cell分選標記、建庫、下機數據的質量都具有著決定性的作用。如若細胞計數偏高,將會影響建庫的成功率;計數偏低,則會提高雙細胞的比例;而細胞活率過低,就會使測序數據的利用率大打折扣,因此把好單細胞懸液質量這一關尤為重要。而在鋪板過程中,由于不同操作人員手法具有不可避免的差異,不同的液體流速將直接影響單細胞的入孔效果。因此烈冰生物BD Rhapsody單細胞分選平臺配套了專門定制的電動移液器,其具有Prime Treat、Cell Load、Bead Load、Wash、Lysis、Retrieval多種操作模式,來對應各種不同的操作。通過已經設定的程序來控制液體的流速,大幅度降低人為操作習慣帶來的差異,保證實驗操作的一致性。高通量測序技術是對傳統(tǒng)測序一次突破性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。上海BD單細胞實驗服務

相對于Smart-Seq技術在細胞數量上的問題,BD平臺普遍提供的細胞數量都在1000-10000不等的測序細胞量,特殊研究需求的項目,可提供上限40000個細胞的捕獲量(單個樣本)。這個量級的測序細胞量已經可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型。因此,對于基于基因表達進行準確細胞分型上,無論是從細胞數量上來說還是表達檢測可靠性來說,都會更實用。此外針對特殊項目研究,如需要捕獲和分析脆弱的細胞,如粒細胞、中性粒細胞、CAR-T細胞、干細胞、移植瘤細胞、骨髓瘤細胞等,烈冰生BD平臺也有更好的捕獲效能,滿足您的實際需求。蘇州BD VDJ單細胞平臺個性化制定測序項目方面,滿足從檢測基因到蛋白的多組學測序要求。

烈冰生物搭建近10臺BD Rhapsody平臺,目前為全國范圍內的高校、醫(yī)院和研究所等單位的科研學者提供服務,BD Rhapsody平臺采用U型微孔板,1個板即對應1個樣本(不混樣的情況下),每個通道一般捕獲細胞數在1000-10000個之間,而上限可捕獲40000細胞時也能獲得較低的雙細胞率,此外,單個細胞捕獲效率高達80%,可準確鑒別稀有細胞類型,有利于稀有樣本或小細胞量類型樣本研究;細胞可適性高,對細胞大?。ㄖ睆匠^40um細胞需要制備成細胞核)及類型無限制。細胞捕獲周期較短,能夠實現自動分離,且實驗端捕獲細胞過程全程可視化進行,保障每一例珍貴樣本實驗的成功進行,1天內可完成從細胞懸液到cDNA文庫構建的所有的測序準備工作。

樣本制備后的保存 為了盡可能地減少轉錄組的變化,在對細胞進行清洗和計數后,單細胞懸液應當保存于冰上,直至用于后續(xù)的上機和文庫制備步驟。在理想狀況下,一旦制備好樣本,應當在3min鐘內將其用于下游步驟。然而,您還有必要了解各類細胞的不同性質,因為這可能會影響細胞應在冰上保存的時間,以及它們在制備后多久便應當被盡快使用。例如,有些細胞(如PBMC)如果在冰上放置一段時間,它們就開始形成團塊。這些團塊很難解離,增加了堵塞的風險,而且每個團塊被當成單細胞計數,又降低了細胞計數的準確性。此外,有些細胞更加粘稠,形成團塊的速度更快。對于這些細胞,必須盡量減少制備和使用之間的時間差。烈冰對于一個細胞群體中的每個細胞單獨進行建庫測序分析。

針對單細胞測序的細胞上樣數,為什么不建議捕獲到的細胞數量越高越好?一味地追求高數量的細胞捕獲可能會存在一些問題。例如在上機細胞懸液濃度固定時,如果目標細胞捕獲數增加到8000甚至10000,上樣細胞懸液體積勢必增加,在細胞懸液質量不是很理想(細胞活性<90%、碎片率>5%、結團率均>5%)的情況下,引入的背景信號會增加,分析結果不理想的直接體現包括:cell、non-cell無法有效區(qū)分和Fraction reads in cells偏低。當cell和non-cell無法有效區(qū)分時,會使得數據出現假陽性和假陰性結果!當目標細胞捕獲數很大時,多細胞率會增加,數據分析時,此部分“cell”表現為基因檢測數和UMI檢測數是正常cell的N倍(N是一個GEM包裹的細胞數),導致所有細胞的統(tǒng)計數據(單個細胞基因檢測中位數、單個細胞UMI檢測中位數)虛高。此部分“cell”雖然可以通過設置數據分析閾值進行過濾,但是容易會有此類數據的殘留和正常高基因檢測細胞的人為去除!搭建多種測序數據的生物信息分析平臺,5000+項目檢驗,真實可信賴。廈門single cell RNA單細胞測序

烈冰科技成立10余年,為科研學者提供專注的測序數據分析服務。上海BD單細胞實驗服務

我國經濟進入“新常態(tài)”,總體上推動單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序從粗放式增長向注重質量、效率方向轉變。民間資本的進入也一定程度刺激我國單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序市場活力。社會對健康類產業(yè)的關注度越來越高,迫切需要對單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序的規(guī)模和結構進行核算。從世界范圍來看,美、歐、日等發(fā)達地區(qū)的銷售產業(yè)發(fā)展歷史悠久,無論是銷售產品制造業(yè)還是銷售服務業(yè),都處于全球優(yōu)先地位。而泰國、印度等東南亞及南亞地區(qū),銷售產業(yè)雖然起步晚,但是發(fā)展較快,已成為經濟社會發(fā)展重要組成部分。目前全球銷售產業(yè)發(fā)展主要有美國波士頓—劍橋的醫(yī)藥產業(yè)集聚區(qū)、德國圖特林根的醫(yī)藥產業(yè)集聚區(qū)、日本富山縣的醫(yī)藥產業(yè)集聚區(qū)、印度班加羅爾的仿制藥產業(yè)集聚區(qū)等九大發(fā)展模式。而我國仍以醫(yī)藥服務和醫(yī)藥商品為主,整體收入規(guī)模偏小。在項目的加入上可以進行分攤,每一家集團的資本壓力都會得到較大的減輕,這種具有組合資本優(yōu)勢的服務型項目也是很多資本重點關注的資本項目。上海BD單細胞實驗服務

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