針對(duì)單細(xì)胞測序的細(xì)胞上樣數(shù)，為什么不建議捕獲到的細(xì)胞數(shù)量越高越好？一味地追求高數(shù)量的細(xì)胞捕獲可能會(huì)存在一些問題。例如在上機(jī)細(xì)胞懸液濃度固定時(shí)，如果目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000，上樣細(xì)胞懸液體積勢必增加，在細(xì)胞懸液質(zhì)量不是很理想（細(xì)胞活性<90%、碎片率>5%、結(jié)團(tuán)率均>5%）的情況下，引入的背景信號(hào)會(huì)增加，分析結(jié)果不理想的直接體現(xiàn)包括：cell、non-cell無法有效區(qū)分和Fraction reads in cells偏低。當(dāng)cell和non-cell無法有效區(qū)分時(shí)，會(huì)使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽性和假陰性結(jié)果！當(dāng)目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)很大時(shí)，多細(xì)胞率會(huì)增加，數(shù)據(jù)分析時(shí)，此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測數(shù)和UMI檢測數(shù)是正常cell的N倍（N是一個(gè)GEM包裹的細(xì)胞數(shù)），導(dǎo)致所有細(xì)胞的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)（單個(gè)細(xì)胞基因檢測中位數(shù)、單個(gè)細(xì)胞UMI檢測中位數(shù)）虛高。此部分“cell”雖然可以通過設(shè)置數(shù)據(jù)分析閾值進(jìn)行過濾，但是容易會(huì)有此類數(shù)據(jù)的殘留和正常高基因檢測細(xì)胞的人為去除！豐富的測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn)，烈冰配套全程個(gè)性化、定制化地?cái)?shù)據(jù)分析服務(wù)。湖南BD單細(xì)胞測序公司
烈冰與國內(nèi)高校、研究所、醫(yī)院和藥企單位開展深度合作，服務(wù)于600+臨床與研究機(jī)構(gòu)，1000+客戶和5000+重要科研項(xiàng)目，助力并聯(lián)合發(fā)表300+篇CNS等國際學(xué)術(shù)期刊（不完全統(tǒng)計(jì)），在單細(xì)胞領(lǐng)域，烈冰助力用戶發(fā)表單細(xì)胞文獻(xiàn)30+篇，總IF＞300+，IF＞10+以上文章占比65%以上，包含Immunity、Nature Cell Biology、Nature Plants 、Advanced Science等生物領(lǐng)域國際主流學(xué)術(shù)期刊，已發(fā)表文章研究領(lǐng)域涵蓋包括COVID-19研究、疾病發(fā)生轉(zhuǎn)移機(jī)制，免疫研究、腦神經(jīng)、白血病、胚胎發(fā)育、糖尿病、退行性疾病和植物領(lǐng)域研究等。西安scRNA單細(xì)胞測序服務(wù)公司搭配BD FACSMelody流式分選儀，全線搭建BD Rahpsody單細(xì)胞測序平臺(tái)。
針對(duì)單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析時(shí)的reads數(shù)、基因表達(dá)量及細(xì)胞數(shù)量判定過程中：以捕獲5000個(gè)細(xì)胞、100G的測序量為標(biāo)準(zhǔn)，每個(gè)細(xì)胞的reads數(shù)大約在50k左右；每個(gè)細(xì)胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細(xì)胞類型，例如成熟的B，T，粒細(xì)胞數(shù)量較多的組織中，由于該類型細(xì)胞表達(dá)的基因數(shù)普遍較少，導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細(xì)胞等，他們的基因表達(dá)數(shù)較高，甚至可以超過1W，這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此，我們對(duì)細(xì)胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認(rèn)時(shí)，需要考察實(shí)際組織的細(xì)胞組成。
單細(xì)胞獲得困難，不同組織要求不盡相同難以搞定？ 烈冰2000+項(xiàng)目消化經(jīng)驗(yàn)，100+組織類型解離protocol，精心設(shè)計(jì)不同組織實(shí)驗(yàn)的解離、細(xì)胞懸浮實(shí)驗(yàn)體系，確保單細(xì)胞的獲得。 凍存樣本無法實(shí)驗(yàn)，珍貴樣本無法使用？ 烈冰采用國際認(rèn)可的凍存組織復(fù)蘇技術(shù)以及死細(xì)胞過濾技術(shù)，確保凍存組織使用。 珍貴樣本，細(xì)胞數(shù)量太少，消化背景雜無法做單細(xì)胞？ 采用國際認(rèn)可的10X Genomics，BD Rhapsody雙平臺(tái)模式，根據(jù)樣本實(shí)際情況和用戶需求提供客觀有效的實(shí)驗(yàn)方案,細(xì)胞量少，背景雜也能做單細(xì)胞。 單細(xì)胞RNA分類精度不足，部分細(xì)胞無法細(xì)分？ 烈冰同時(shí)采用單細(xì)胞蛋白質(zhì)組與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)，真正做到從上游到下游的全流程檢測，確保超高的細(xì)胞分類精度。2019年，烈冰已助力發(fā)表了采用BD Rahpsody平臺(tái)的單細(xì)胞風(fēng)濕類文章。
烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺(tái)致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù)，深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果，深入挖掘其背后的生物學(xué)意義；從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究，加速科研進(jìn)程！此外，烈冰生信團(tuán)隊(duì)根據(jù)豐富的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)為用戶量身打造了一款單細(xì)胞測序結(jié)果解讀的神兵利器——單細(xì)胞瀏覽器（Single Cell Browser），不但可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化，還是可以實(shí)現(xiàn)三維立體化展示的軟件。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰，專業(yè)的生物學(xué)意義交給專業(yè)的您，詳情請(qǐng)咨詢烈冰生物。ATCG堿基的排列組合構(gòu)成了測序的龐大世界。長沙BD VDJ單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)服務(wù)
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您的珍貴樣本，可以放心依賴烈冰生物BD Rhapsody單細(xì)胞捕獲系統(tǒng)，首先，該系統(tǒng)的技術(shù)原理是基于cyto-seq的微孔技術(shù)，因此不會(huì)因?yàn)闃颖炯?xì)胞體積太大或懸液背景太雜等問題導(dǎo)致捕獲通道的堵塞進(jìn)而導(dǎo)致樣本的損失；其次，BD RhapsodyTM單細(xì)胞捕獲系統(tǒng)無電子元件，便于攜帶，當(dāng)您的樣本需及時(shí)實(shí)驗(yàn)時(shí)，我們可以“拎包上門”，快速的完成細(xì)胞捕獲部分，不至于珍貴樣本因細(xì)胞活性快速下降帶來的損失；在這，BD Rhapsody單細(xì)胞捕獲系統(tǒng)對(duì)細(xì)胞數(shù)量包容性較好，細(xì)胞懸液上樣量高達(dá)575ul，針對(duì)樣本中細(xì)胞數(shù)量較少的組織類型，也能完成整個(gè)項(xiàng)目的細(xì)胞捕獲工作。湖南BD單細(xì)胞測序公司
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