現(xiàn)有的單細(xì)胞測序技術(shù)陣營在幾個主要領(lǐng)域存在差別。一個是基于微流控通道的細(xì)胞與Beads的在通道內(nèi)的動態(tài)結(jié)合，通過油相水相不相容的特點將結(jié)合了的細(xì)胞和Beads進行分隔，在這個空間，單個細(xì)胞的內(nèi)容物釋放，轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引，以便下游識別。BD Rhapsody單細(xì)胞測序平臺采用靜態(tài)微孔技術(shù)（Cyto-Seq具有類似的技術(shù)原理）。通過微孔板的物理分隔，將一個個單個細(xì)胞和帶有標(biāo)簽的磁珠，一對一的“框”在微反應(yīng)的物理平臺中。這樣，每一個細(xì)胞都會結(jié)合一個磁珠，那么在每一個磁珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，這個抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫。BD單細(xì)胞測序平臺同時兼容單細(xì)胞蛋白組測序（Ab-seq）和免疫組庫測序等工作。湖州BD VDJ單細(xì)胞測序服務(wù)
BD Rhapsody單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序是利用單細(xì)胞水平上的高通量測序分析基因表達譜的技術(shù)，突破傳統(tǒng)高通量測序的局限性，針對多種組織類型的樣本，采用BD 細(xì)胞懸液制備protocol組織解離后，單個樣本一次上機能捕獲500-10000個細(xì)胞， 基于每個細(xì)胞分別建庫測序，獲得單個細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達狀態(tài)，并鑒定細(xì)胞的類型，可以在不同樣本間從細(xì)胞類型的組成和豐度角度進行比較，反映細(xì)胞間的異質(zhì)性，提供足夠靈活的定制測定法以滿足多種實驗需要，并有效縮短實驗是時間和降低測序成本。上海BD單細(xì)胞實驗服務(wù)基于磁珠Barcode和UMI及polyT的探針結(jié)構(gòu)，精細(xì)區(qū)分上萬個細(xì)胞中mRNA的來源及表達豐度。
烈冰生物單細(xì)胞測序服務(wù)，為您提供可視化質(zhì)控系統(tǒng)，保證每次實驗的可靠性：BD Rhapsody 掃描儀具有直接成像功能，可在工作流程的不同階段進行質(zhì)量控制，如細(xì)胞捕獲率和細(xì)胞多態(tài)率（雙細(xì)胞率）。成像儀指標(biāo)可以確認(rèn)起始細(xì)胞樣本的質(zhì)量，并確認(rèn)微孔板工作流程中每個步驟的成功完成狀態(tài) ；在細(xì)胞裂解前的步驟中評估細(xì)胞活性；并對通過測序確定的細(xì)胞回收量進行可靠估算。利用這些信息，在進行高成本的下游測序之前，用戶可根據(jù)需要改變方向并解決實驗中遇到的問題。這些指標(biāo)允許用戶對不同工作日間的或者不同研究中心間的工作流程性能進行跟蹤。
針對單細(xì)胞測序的細(xì)胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié)：主要是對細(xì)胞數(shù)量、基因表達量、測序質(zhì)量進行整體描述。過濾標(biāo)準(zhǔn)：由于細(xì)胞破碎后游離RNA會釋放到環(huán)境或孔中，并且測序中也會存在一些死細(xì)胞，導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此，我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來過濾掉假細(xì)胞或死細(xì)胞。以10× Genomics為例，細(xì)胞數(shù)量判斷主要通過分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點，當(dāng)存在多個斜率拐點的時候，結(jié)合預(yù)期UMI=500時的細(xì)胞數(shù)量進行過濾。當(dāng)斜率拐點低于UMI=500的時候，選擇UMI=500作為細(xì)胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn)；否則，選擇和預(yù)期細(xì)胞數(shù)量接近的拐點作為細(xì)胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。ATCG堿基的排列組合構(gòu)成了測序的龐大世界。
根據(jù)烈冰多年單細(xì)胞測序服務(wù)經(jīng)驗，為什么不建議您一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲：單細(xì)胞測序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進行，而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后，獲得細(xì)胞基因表達譜，通過降維（pca），無監(jiān)督聚類以及可視化（t-SNE）得到的。進行細(xì)胞聚類時需要考慮到每個細(xì)胞的基因表達模式，因此即使是相同的數(shù)據(jù)，在剔除幾個細(xì)胞的情況下，前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過多時，無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù)，都會對正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響，造成聚類結(jié)果失真。這也是很多文章，特別是很多高分文章，為什么單個樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個時，數(shù)據(jù)量在100G左右時，可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。BD平臺基于cyto-seq技術(shù)，實現(xiàn)細(xì)胞和磁珠的一對一結(jié)合。南京單細(xì)胞服務(wù)機構(gòu)
2019年，烈冰已助力發(fā)表了采用BD Rahpsody平臺的單細(xì)胞風(fēng)濕類文章。湖州BD VDJ單細(xì)胞測序服務(wù)
作為單細(xì)胞測序的又一個重要里程碑，BD Rhapsody單細(xì)胞捕獲平臺整合了儀器、試劑盒和基礎(chǔ)信息學(xué)軟件，能精確對接illumina測序儀，因此可實現(xiàn)大量大細(xì)胞的快速高效標(biāo)記、測序和分析，獲得單細(xì)胞水平的基因表達譜和差異情況，并通過對復(fù)雜細(xì)胞群體進行深入細(xì)致分析，繪制大規(guī)模單細(xì)胞表達圖譜。 以量化細(xì)胞內(nèi)的群體異質(zhì)性，并逐個鑒定細(xì)胞類型、細(xì)胞狀態(tài)和動態(tài)細(xì)胞躍遷。除了有望鑒定新的細(xì)胞亞型和稀有細(xì)胞群體，單細(xì)胞技術(shù)還能更好地了解轉(zhuǎn)錄動態(tài)和基因調(diào)控關(guān)系。湖州BD VDJ單細(xì)胞測序服務(wù)
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司專注技術(shù)創(chuàng)新和產(chǎn)品研發(fā)，發(fā)展規(guī)模團隊不斷壯大。一批專業(yè)的技術(shù)團隊，是實現(xiàn)企業(yè)戰(zhàn)略目標(biāo)的基礎(chǔ)，是企業(yè)持續(xù)發(fā)展的動力。上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司主營業(yè)務(wù)涵蓋單細(xì)胞測序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺，空間轉(zhuǎn)錄組測序，單細(xì)胞多組學(xué)測序，堅持“質(zhì)量保證、良好服務(wù)、顧客滿意”的質(zhì)量方針，贏得廣大客戶的支持和信賴。一直以來公司堅持以客戶為中心、單細(xì)胞測序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺，空間轉(zhuǎn)錄組測序，單細(xì)胞多組學(xué)測序市場為導(dǎo)向，重信譽，保質(zhì)量，想客戶之所想，急用戶之所急，全力以赴滿足客戶的一切需要。