樣本制備后的保存 為了盡可能地減少轉(zhuǎn)錄組的變化,在對(duì)細(xì)胞進(jìn)行清洗和計(jì)數(shù)后,單細(xì)胞懸液應(yīng)當(dāng)保存于冰上,直至用于后續(xù)的上機(jī)和文庫(kù)制備步驟。在理想狀況下,一旦制備好樣本,應(yīng)當(dāng)在3min鐘內(nèi)將其用于下游步驟。然而,您還有必要了解各類(lèi)細(xì)胞的不同性質(zhì),因?yàn)檫@可能會(huì)影響細(xì)胞應(yīng)在冰上保存的時(shí)間,以及它們?cè)谥苽浜蠖嗑帽銘?yīng)當(dāng)被盡快使用。例如,有些細(xì)胞(如PBMC)如果在冰上放置一段時(shí)間,它們就開(kāi)始形成團(tuán)塊。這些團(tuán)塊很難解離,增加了堵塞的風(fēng)險(xiǎn),而且每個(gè)團(tuán)塊被當(dāng)成單細(xì)胞計(jì)數(shù),又降低了細(xì)胞計(jì)數(shù)的準(zhǔn)確性。此外,有些細(xì)胞更加粘稠,形成團(tuán)塊的速度更快。對(duì)于這些細(xì)胞,必須盡量減少制備和使用之間的時(shí)間差。此外,烈冰開(kāi)展了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞多組學(xué)以及空間轉(zhuǎn)錄組等多種產(chǎn)品在內(nèi)的全套科研解決方案,歡迎垂詢(xún)。北京BD Rhapsody單細(xì)胞測(cè)序
從單細(xì)胞測(cè)序描述性分析轉(zhuǎn)向復(fù)雜樣本中不同細(xì)胞類(lèi)型的功能解析,越來(lái)越需要一種多組學(xué)的細(xì)胞生物學(xué)視角。通過(guò)單細(xì)胞多組學(xué)——即對(duì)不同組學(xué)的數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析和整合——科學(xué)家能夠從同一個(gè)單細(xì)胞來(lái)源中檢測(cè)多種細(xì)胞特征。這些特征包括全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)、細(xì)胞表面蛋白表達(dá)、免疫組庫(kù)序列(包括T細(xì)胞和B細(xì)胞受體)以及用于了解表觀基因組調(diào)控的開(kāi)放染色質(zhì)區(qū)域。隨著單個(gè)實(shí)驗(yàn)可提供更多信息豐富的數(shù)據(jù),研究人員的獲益更多,包括保留珍貴樣本、提高生產(chǎn)力、減少因批次效應(yīng)引起的錯(cuò)誤,并節(jié)省更多的高科技資源(從資助基金到人員時(shí)間)。scRNA單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)的迅速發(fā)展和應(yīng)用推廣,為從多維度揭示疾病發(fā)展提供了強(qiáng)有力的工具。
單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果動(dòng)輒上百G數(shù)據(jù)量,龐大的數(shù)據(jù)對(duì)于分析平臺(tái)和分析能力有著很高的要求,首先針對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié):?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列,不可避免的會(huì)出現(xiàn)低質(zhì)量的測(cè)序結(jié)果,存在各種情況的序列污染。因此序列過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估就會(huì)變得極為重要。序列質(zhì)量主要通過(guò)測(cè)序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來(lái)表征,即堿基測(cè)序結(jié)果的錯(cuò)誤率在1% / 0.1%以下的比例。理想的測(cè)序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30。保證數(shù)據(jù)獲得后的處理結(jié)果的準(zhǔn)確性,為后續(xù)細(xì)胞類(lèi)型鑒定和功能分析打下堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。
您的珍貴樣本,可以放心依賴(lài)烈冰生物BD Rhapsody單細(xì)胞捕獲系統(tǒng),首先,該系統(tǒng)的技術(shù)原理是基于cyto-seq的微孔技術(shù),因此不會(huì)因?yàn)闃颖炯?xì)胞體積太大或懸液背景太雜等問(wèn)題導(dǎo)致捕獲通道的堵塞進(jìn)而導(dǎo)致樣本的損失;其次,BD RhapsodyTM單細(xì)胞捕獲系統(tǒng)無(wú)電子元件,便于攜帶,當(dāng)您的樣本需及時(shí)實(shí)驗(yàn)時(shí),我們可以“拎包上門(mén)”,快速的完成細(xì)胞捕獲部分,不至于珍貴樣本因細(xì)胞活性快速下降帶來(lái)的損失;在這,BD Rhapsody單細(xì)胞捕獲系統(tǒng)對(duì)細(xì)胞數(shù)量包容性較好,細(xì)胞懸液上樣量高達(dá)575ul,針對(duì)樣本中細(xì)胞數(shù)量較少的組織類(lèi)型,也能完成整個(gè)項(xiàng)目的細(xì)胞捕獲工作。BD平臺(tái)基于cyto-seq技術(shù),實(shí)現(xiàn)細(xì)胞和磁珠的一對(duì)一結(jié)合。
關(guān)于單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)樣本制備,這與流式細(xì)胞術(shù)用戶(hù)熟悉的步驟完全一致,也就是通過(guò)酶促或機(jī)械消化、細(xì)胞分選或其他細(xì)胞分離技術(shù)從整個(gè)樣本中制備生成活的單細(xì)胞懸液。隨后是細(xì)胞計(jì)數(shù)和質(zhì)量控制步驟,以確保您的樣本有適當(dāng)濃度的活細(xì)胞,并且不含細(xì)胞團(tuán)塊和死細(xì)胞碎片。如有必要,您還可以使用抗體對(duì)樣本進(jìn)行染色,標(biāo)記細(xì)胞表面蛋白或其他生物分析物,或者通過(guò)FACS來(lái)富集感興趣的細(xì)胞類(lèi)型。解離樣本時(shí)采取的具體步驟將根據(jù)您的起始材料和實(shí)驗(yàn)?zāi)繕?biāo)而定。也許需要額外的制備步驟,具體取決于組織質(zhì)量、樣本豐度、細(xì)胞大小,以及是否需要提取出細(xì)胞核進(jìn)行染色質(zhì)可接近性分析。無(wú)論具體的考慮因素如何,所有樣本類(lèi)型都遵循同一個(gè)基本原則,那就是生成高質(zhì)量的單細(xì)胞懸液。烈冰科技已建立了多種國(guó)際和國(guó)內(nèi)主流的高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)平臺(tái)和自主研發(fā)國(guó)產(chǎn)化實(shí)驗(yàn)平臺(tái)。北京single cell RNA單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)
深度的單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)解讀助力醫(yī)療健康大時(shí)代。北京BD Rhapsody單細(xì)胞測(cè)序
細(xì)胞計(jì)數(shù)和活力評(píng)估在評(píng)估樣本質(zhì)量時(shí),需要在細(xì)胞清洗和過(guò)濾之后測(cè)定細(xì)胞活力,這一點(diǎn)至關(guān)重要。測(cè)定細(xì)胞活力有許多種方法,烈冰多年單細(xì)胞測(cè)序經(jīng)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)臺(tái)盼藍(lán)法在鑒定活細(xì)胞與死細(xì)胞的比例時(shí)效果很好。細(xì)胞計(jì)數(shù)的準(zhǔn)確性以及目標(biāo)回收量和實(shí)際回收量之間的一致性,取決于我們了解樣本中有多少個(gè)細(xì)胞。一旦過(guò)濾和清洗完成,可采用細(xì)胞計(jì)數(shù)設(shè)備(如血球計(jì)數(shù)器或自動(dòng)細(xì)胞計(jì)數(shù)儀)進(jìn)行定量。這些設(shè)備不但能提供準(zhǔn)確的細(xì)胞計(jì)數(shù),還能計(jì)算出向微流體芯片上樣適量細(xì)胞所需的細(xì)胞懸液體積。北京BD Rhapsody單細(xì)胞測(cè)序
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