空間轉錄組測序的數據分析基本分為三個階段：1.數據的預處理部分；2.Spot點陣的分群與定義；3.Spot分群的功能與生物學價值。每一個部分都不可或缺，其結果都對后續(xù)的分析結果有重要影響。由于空間轉錄組的序列結構與單細胞轉錄組測序的左端序列結構是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區(qū)域這樣的設計。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細胞的原始數據過濾策略即可，左端可以考慮切下捕獲區(qū)域前的序列區(qū)域作為后續(xù)分析用的序列以減少分析負荷。隨后，采用10X官方的Spatialranger的策略進行后續(xù)分析，解析出位于空間位置中的有效的Spot表達矩陣。烈冰全線實驗平臺滿足超深度、大規(guī)模發(fā)現(xiàn)和復雜疾病研究的測序。西安高通量測序空間轉錄組平臺
已發(fā)表的關于空間轉錄組技術有Slide-seq,LCM-seq,seqFISH,MERFISH,Liversinglecellzonation,Geo-seqandTomo-seq。這些方法或是在細胞數量上限制較大，或是存在有效測序深度不足等問題。10xGenomics公司提供的Visium空間基因表達解決方案是目前一個高通量空間轉錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉錄組學技術應用到組織切片和染色的標準方法中，從而研究空間分辨率下整個轉錄組mRNA的表達情況，同時在同一組織切片中獲得組織學相關信息。南京烈冰生物空間轉錄組多組學測序強勢發(fā)文！烈冰空間轉錄組測序助力揭示愈傷組織能再生的機制。
烈冰提供空間轉錄組全流程服務，包括樣本包埋、貼片、選片、HE染色、拍照成像、組織透化、建庫測序以及后續(xù)的FISH驗證等各個步驟，為您提供無憂服務。烈冰搭建了以萊卡CM1950冷凍切片機、尼康多熒光通路全自動掃描顯微鏡、3Dhistech-midi數字掃描儀為基礎的先進實驗平臺，并制定嚴格規(guī)范的實驗室SOP，經過大量的切片、貼片實操演練，對不同類型組織的切片厚度、溫度進行優(yōu)化，確保獲得更好質量的冷凍切片。利用NovelBrain云分析平臺，搭建0代碼需求的空間轉錄組分析流程，準確快速解析空間轉錄組數據。取同一樣本組織的相鄰區(qū)域進行單細胞轉錄組測序，通過單細胞轉錄組數據和空間轉錄組數據的整合分析，判定空間區(qū)域內的細胞類別，精確解析組織空間內的異質化信息。
空間組學可以應用的方向：1.可以鑒定到疾病的空間位置異質性：對于阿爾茨海默癥的研宄可以探索到小神經質細胞趨向于阿爾茨海默神經班。 2．建立空間轉錄組圖譜構建個人空間轉錄組圖譜將極大提升科研人員對生物體組織間的細胞差異。3、描述胚胎發(fā)育及空間藍區(qū)胚胎發(fā)育的動態(tài)過程是科研人員一直為之著迷的，空間組學發(fā)展可以清晣的描繪胚胎發(fā)育的藍圖。除了皮膚、胰腺和骨頭組織外，其余樣本類型均可開展10xGenomics空間轉錄組研究。10xGenomics公司已經測試完畢的組織類型有：人：心勝、腎勝、卵巢、乳房、淋巴結、大腦、大腸、肺、脾臟小鼠：大腦、眼睛、心勝、腎勝、大腸、肝臟、肺、卵巢，四頭肌、小腸、脾勝、胃、翠丸、甲狀腺、舌頭大鼠：大腦、腎臟、心臟烈冰生物成立于2010年，專注于空間轉錄組測序領域科研服務。
為同時獲得空間表達和組織學背景信息，該方案首先將FFPE組織切片置于Visium基因芯片上進行組織學染色和成像，然后利用切片下方Visium基因芯片上的探針進行表達定量。由于FFPE樣本通常存在RNA高度降解的問題，針對FFPE樣本的Visium空間基因表達解決方案無法像新鮮凍存組織樣本一樣利用完整mRNA具有的poly（dA）序列進行mRNA捕獲。該方案采用針對編碼基因的成對RNA模板連接探針（RTL）與mRNA雜交。左側探針（LHS）具有部分Read 2序列，右側探針（RHS）具有合成的poly(A)序列。左右探針與mRNA雜交后彼此連接，而mRNA被RNase降解。組織透化后，被連接的成對探針與芯片上包含空間Barcode、UMI和poly(dT）序列的引物序列捕獲，并且空間Barcode和UMI序列被延伸到成對探針序列上。攜帶空間Barcode的探針序列用于進行測序文庫構建和測序。測序序列上的空間Barcode用于將測序序列定位到組織切片圖像上，UMI用于基因表達定量。十二年測序經驗，累計服務與5000余項重要科研項目。寧波空間轉錄組數據分析
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當前的技術主要有四種策略：1、基于組學實驗結合空間重建的計算策略這種計算方法可以充分利用內在基因表達模式或共表達的趨勢，從單個細胞的大量轉錄組數據中重構細胞間的環(huán)境。然而，這些推論方法在某些情況下只呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局。2激光切割與NGS測序結合的策略基于LCM的轉錄組學或基因組學成功地獲得了單個細胞的空間轉錄組，盡管其通量很低，但是在可以標記成千上萬個單個細胞位買的多路復用條形碼策路可行之前，將少量細胞的數據粗略地整合到構成組織的巨大背景中，可能具有一定價值。3、基于熒光物質原位的轉錄組學基于圖像的原位轉錄組學在很大程度上增加了可檢測區(qū)域，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉錄本積累等復雜背景中提取單個細胞。4、基于身核苷酸的空間條碼加上NGS測序。西安高通量測序空間轉錄組平臺
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家服務型類企業(yè)，積極探索行業(yè)發(fā)展，努力實現(xiàn)產品創(chuàng)新。是一家有限責任公司（自然）企業(yè)，隨著市場的發(fā)展和生產的需求，與多家企業(yè)合作研究，在原有產品的基礎上經過不斷改進，追求新型，在強化內部管理，完善結構調整的同時，良好的質量、合理的價格、完善的服務，在業(yè)界受到寬泛好評。公司業(yè)務涵蓋單細胞測序，生物大數據云分析平臺，空間轉錄組測序，單細胞多組學測序，價格合理，品質有保證，深受廣大客戶的歡迎。烈冰生物自成立以來，一直堅持走正規(guī)化、專業(yè)化路線，得到了廣大客戶及社會各界的普遍認可與大力支持。