相對于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問題,10X平臺普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1000-20000不等的測序細(xì)胞量,這個量級的測序細(xì)胞量已經(jīng)可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型。因此,這兩種技術(shù)對于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上,無論是從細(xì)胞數(shù)量上來說還是表達(dá)檢測可靠性來說,都會更實用。同時依托Random Cell Label技術(shù),使得其對于NovaSeq、HiSeq X Ten、Hiseq 4000等設(shè)備存在的Index hooping現(xiàn)象,相對于Smart-Seq數(shù)據(jù)來說,影響幾乎可以忽略不計(10X Genomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測試結(jié)果,顯示無影響。以單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組為中心的多組學(xué)聯(lián)合分析有利于更好地理解基因變化與表型變化之間的關(guān)聯(lián)性。無錫烈冰科技單細(xì)胞多組學(xué)平臺
BD的技術(shù)不再采用利用微流控孔道射出細(xì)胞和射出的磁珠碰撞的過程,進(jìn)行單細(xì)胞捕獲的技術(shù),轉(zhuǎn)而采用CytoSeq特有的蜂窩板技術(shù)。該技術(shù)用20萬+的微孔(該數(shù)量級遠(yuǎn)大于Input細(xì)胞數(shù)量),保證單孔中的單細(xì)胞捕獲。同時避免了10X中存在的概率碰撞影響捕獲效率的問題,采用微孔捕獲相對會有更好的捕獲效率(來自兩家企業(yè)商業(yè)宣傳資料比對),保證Input細(xì)胞的高效使用。對于Input細(xì)胞的量更少的情況,可以基于百萬級別的細(xì)胞總量開始進(jìn)行前期處理以及后期捕獲操作。而在細(xì)胞捕獲完成后,進(jìn)行細(xì)胞裂解后,同樣的也進(jìn)行細(xì)胞中RNApolyA序列的抓取工作。杭州烈冰生物單細(xì)胞多組學(xué)多組學(xué)測序單細(xì)胞技術(shù)從 2009 年發(fā)展到現(xiàn)在,研究范圍不再局限于轉(zhuǎn)錄組,擴(kuò)展到了基因組、免疫組、蛋白組等多組學(xué)水平。
烈冰科技于2010年誕生之初便立足于高通量測序行業(yè),為科研學(xué)者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù),先后經(jīng)歷基因芯片時代、基因測序、轉(zhuǎn)錄組測序時代...在科技日新月異的洪流中始終獨占鰲頭。2018年以來,單細(xì)胞測序進(jìn)入發(fā)展的快車道,烈冰作為國內(nèi)首批引進(jìn)單細(xì)胞實驗雙平臺的公司,依托自主研發(fā)的NovelBrain®生物大數(shù)據(jù)分析平臺,為用戶提供一站式全流程的單細(xì)胞測序服務(wù)和解決方案。4年的單細(xì)胞技術(shù)的積累,烈冰已具備大鼠、小鼠、斑馬魚、猴、裸鼴鼠、水稻、擬南芥等10+物種,皮膚、腦、胰腺、脂肪、心臟、花序等50+組織類型,100+細(xì)胞類型,1000+靶標(biāo)基因,10000+樣本處理經(jīng)驗。
烈冰生物生信分析團(tuán)隊緊追國際前沿、整合添加多項國際期刊認(rèn)可的空轉(zhuǎn)分析工具,構(gòu)建一套完整的數(shù)據(jù)分析流程;精心研發(fā)空轉(zhuǎn)結(jié)果瀏覽器,可同步展示空間轉(zhuǎn)錄組與單細(xì)胞測序分析結(jié)果,詳細(xì)深入地解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。完成從Rawdata(原始數(shù)據(jù))到Spot-Gene的具有定位信息的表達(dá)矩陣的過程后,就進(jìn)入了空轉(zhuǎn)的第二步,去進(jìn)行Spot的Cluster的過程,熟悉單細(xì)胞測序的研究者知道,Cluster在單細(xì)胞測序中往往表示為細(xì)胞的類型,也就是說能聚在一起采用算法分為一個群體細(xì)胞是一個Celltype(當(dāng)然分情況也會有不同)。而在空轉(zhuǎn)中,也正是由于前面提到了細(xì)胞的非單一性,導(dǎo)致了這里的分群并不是單純的同一細(xì)胞類型,而應(yīng)該認(rèn)為是具有相同細(xì)胞組成的點陣區(qū)域,或者說是近似的組織結(jié)構(gòu)區(qū)域。單細(xì)胞多組學(xué)測序技術(shù)是在單細(xì)胞分辨率下精確分析細(xì)胞異質(zhì)性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的新技術(shù)。
單細(xì)胞測序是指針對單個細(xì)胞進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測序分析,可精確地描述每一個細(xì)胞的狀態(tài),在異質(zhì)性發(fā)育過程中具有不可忽視的應(yīng)用價值。然而,單細(xì)胞測序無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息,對于揭示發(fā)育過程、病理微環(huán)境都存在很大的局限性??臻g轉(zhuǎn)錄組測序以點陣形式記錄病理切片細(xì)胞的空間信息并進(jìn)行測序,可以精確指示點陣內(nèi)的全部基因表達(dá)情況??臻g轉(zhuǎn)錄組測序的加入,無疑讓單細(xì)胞測序如虎添翼,更精確地勾勒了組織水平的異質(zhì)性。烈冰測序服務(wù)已助力300余篇國際主流期刊研究文章發(fā)表。濟(jì)南烈冰生物單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析可視化
為了能深入分析和理解細(xì)胞狀態(tài)和命運決定的機(jī)制, 將單細(xì)胞各組學(xué)技術(shù)結(jié)合在一起的單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)產(chǎn)生。無錫烈冰科技單細(xì)胞多組學(xué)平臺
reads數(shù)、基因表達(dá)量及細(xì)胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個細(xì)胞、100G的測序量為標(biāo)準(zhǔn),每個細(xì)胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個細(xì)胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細(xì)胞類型,例如成熟的B,T,粒細(xì)胞數(shù)量較多的組織中,由于該類型細(xì)胞表達(dá)的基因數(shù)普遍較少,導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某一疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細(xì)胞等,他們的基因表達(dá)數(shù)較高,甚至可以超過1萬,這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此,我們對細(xì)胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認(rèn)時,需要考察實際組織的細(xì)胞組成。無錫烈冰科技單細(xì)胞多組學(xué)平臺
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查、社會調(diào)研、民意調(diào)查、民意測驗),從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),計算機(jī)、軟件及耗材(除專控),軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項目,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動】的公司,是一家集研發(fā)、設(shè)計、生產(chǎn)和銷售為一體的專業(yè)化公司。公司自創(chuàng)立以來,投身于單細(xì)胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細(xì)胞多組學(xué)測序,是醫(yī)藥健康的主力軍。烈冰生物繼續(xù)堅定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,既要實現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長,又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域,實現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。烈冰生物創(chuàng)始人陳岱,始終關(guān)注客戶,創(chuàng)新科技,竭誠為客戶提供良好的服務(wù)。