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隨著單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(scRNA-Seq)的蓬勃發(fā)展,其在在胚胎發(fā)育,腫瘤細胞異質(zhì)性,免疫細胞轉(zhuǎn)化等多方面屢建奇功,但是由于細胞形態(tài)的不同和單細胞制備中細胞敏感性的差異等因素影響,scRNA-Seq在數(shù)據(jù)分析時可能會出現(xiàn)細胞類型占比失真,個別細胞類型丟失等情況。為了克服單細胞測序技術的局限性,單細胞核轉(zhuǎn)錄組測序技術(snRNA-Seq)應運而生,snRNA-Seq可利用凍存組織直接制備單細胞核進行轉(zhuǎn)錄組測序,不僅克服了細胞形態(tài)差異致使的細胞捕獲差異,還克服了單細胞測序必須使用新鮮樣本的多個局限性。單細胞多組學 測序技術會轉(zhuǎn)向研發(fā)多組學測序分析和功能驗證同時 進行的方法。武漢single cell 單細胞多組學測序服務公司
基于橋式PCR技術的簇生成可以將模版鏈迅速擴增成千上萬倍,保證過程中足夠的測序深度。測序時使用特殊標記的dNTP:1)堿基上通過敏感鍵修飾上不同的熒光基團,用于區(qū)分ATCG;2)3端使用疊氮基團封閉,保證一次循環(huán)只上一個dNTP。每一輪循環(huán)結束時,會通過高速熒光顯微鏡記錄熒光圖像,再通入試劑除去熒光基團和疊氮基團,開啟下一循環(huán)。通過分析讀取同一位點的熒光,實時獲取模版鏈的堿基序列。由于過程中使用的化學反應并不可控,隨著循環(huán)數(shù)的增大會出現(xiàn)不同步的情況,因此Illumina的讀長只能限制在200bp左右。廈門烈冰科技單細胞多組學平臺單細胞測序數(shù)據(jù)分析,認準烈冰NovelBrain生物信息數(shù)據(jù)分析平臺。
當蜂巢孔內(nèi)同時落入細胞和磁珠后,接下去可以往BDCartridge板中加入細胞裂解液對細胞進行裂解,使細胞內(nèi)的RNA與磁珠上的標簽進行結合,完成每個細胞內(nèi)RNA的捕獲和標記。這時,再將捕獲了RNA的磁珠進行回收,待所有質(zhì)控結果確認通過后就可以進行后續(xù)的RNA反轉(zhuǎn)錄、cDNA第二鏈合成等實驗操作。而BDCartridge板則需要再進行一次成像,獲得磁珠收集后的掃描圖,判斷磁珠是否已經(jīng)被有效收集。根據(jù)每一步的質(zhì)控結果,烈冰科技(NovelBio)單細胞測序?qū)嶒瀳F隊會根據(jù)單細胞分選的實驗結果生成實驗總結報告,判斷每一步驟是否通過質(zhì)控,并得到捕獲的單細胞數(shù)量以及雙細胞比例,對整個實驗進行總結評估。若所有過程通過質(zhì)控,實驗樣本即可進行下一步實驗操作。
分子檢測型單細胞多組學測序技術中也有一些集中于探究單細胞內(nèi)表觀遺傳組各層面的變化及關聯(lián)。功能研究型單細胞多組學測序技術,結合了強大的CRISPR基因編輯技術,從而可以深度挖掘基因表達調(diào)控與細胞功能以及命運決定之間的因果關系。在未來,為了更系統(tǒng)地研究多層組學之間的互動關系對細胞命運的影響,一方面,單細胞多組學測序技術的策略會繼續(xù)向轉(zhuǎn)錄組結合其他多個組學的三組學甚至四組學方向發(fā)展.另一方面,單細胞多組學測序技術會轉(zhuǎn)向研發(fā)多組學測序分析和功能驗證同時進行的方法,這種探究因果關系的策略對于揭示發(fā)育和疾病發(fā)展中的關鍵因子和分子網(wǎng)絡模塊十分重要。單細胞測序是高通量測序下的又一重大技術突破。
單細胞多組學測序技術的發(fā)展依賴于各種單一組學檢測技術的完善,但即使在單細胞測序技術迅速發(fā)展的情況下,在單細胞水平協(xié)同檢測多個不同的分子層面仍然非常具有挑戰(zhàn)性.每一種組學都有不同的特性和測量方法,這些方法在敏感性、特異性、通量和適用性上都有所不同.因此,在單細胞水平對多種組學方法進行整合和應用時,需要在策略上做出改進,以保證各組學間的上游建庫以及下游生物信息分析均能良好地兼容,同時也要明確技術的局限性及其對研究結果的潛在影響。單細胞多學可包括基因組學、轉(zhuǎn)錄組學、蛋白質(zhì)組學、代謝組學、影像組學。廣州single cell RNA單細胞多組學測序服務公司
單一的轉(zhuǎn)錄本研究不能體現(xiàn)生命進程的變化,因此多組學聯(lián)合分析成為解析生命進程的有力工具。武漢single cell 單細胞多組學測序服務公司
空間轉(zhuǎn)錄組測序與單細胞測序的結果不同,這里存在一個概念叫做NumberofSpotsundertissue,即,空間轉(zhuǎn)錄組片子上組織覆蓋的有效的spot位點。這個有效Spot的篩選標準是有UMI以及有序列表達。那么這個時候,貼片的質(zhì)量就成為了制約空間轉(zhuǎn)錄組有效區(qū)域的要點了。如果組織沒有很好地覆蓋到空轉(zhuǎn)片上,那么容易出現(xiàn)雖然有HE染色有組織片子,但是沒有基因表達,即無有效Spot位點。同樣的,另一個就是組織切片的大小,也就是說組織切片在整個玻片的覆蓋面積越小,分析的有效區(qū)域就越少。這兩者基本上決定了整個空間轉(zhuǎn)錄組分析結果的基礎質(zhì)量。武漢single cell 單細胞多組學測序服務公司
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