BDRhapsody單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序是利用單細(xì)胞水平上的高通量測序分析基因表達(dá)譜的技術(shù),突破傳統(tǒng)高通量測序的局限性,針對多種組織類型的樣本,采用BD細(xì)胞懸液制備protocol組織解離后,單個樣本一次上機(jī)能捕獲500-10000個細(xì)胞,基于每個細(xì)胞分別建庫測序,獲得單個細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài),并鑒定細(xì)胞的類型,可以在不同樣本間從細(xì)胞類型的組成和豐度角度進(jìn)行比較,反映細(xì)胞間的異質(zhì)性,提供足夠靈活的定制測定法以滿足多種實驗需要,并有效縮短實驗是時間和降低測序成本。烈冰實驗室包含從樣本處理到測序下機(jī)的全套實驗平臺。上海BD Rhapsody單細(xì)胞服務(wù)機(jī)構(gòu)
您的珍貴樣本,還可以放心依賴烈冰生物BDRhapsody單細(xì)胞捕獲系統(tǒng),BDRhapsodyTM單細(xì)胞捕獲系統(tǒng)采用微孔技術(shù),對細(xì)胞的捕獲沒有偏好性,實現(xiàn)高達(dá)80%的微孔板捕獲率,由于單個微孔板中容納了22萬+個微孔,而現(xiàn)階段單細(xì)胞測序?qū)嶒灱夹g(shù)通常要求單個樣本捕獲3000-5000,至高達(dá)10000個細(xì)胞,即可滿足科研探索需求,因此這種“泊松分布”的原理類似于上樣細(xì)胞的無限稀釋過程,但22萬+微孔的存在,也對大體量細(xì)胞數(shù)目的科學(xué)研究有很好的包容性,細(xì)胞通量分為可擴(kuò)展至100-40000個細(xì)胞的捕獲(單個微孔板),滿足您的多重需求。長沙BD單細(xì)胞測序公司單細(xì)胞測序是高通量測序下的又一重大技術(shù)突破。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序是在單細(xì)胞水平上高通量測序分析基因表達(dá)譜的技術(shù),突破傳統(tǒng)高通量測序的局限性,組織解離后,單個樣本一次上機(jī)能捕獲500-20000個細(xì)胞,基于每個細(xì)胞分別建庫測序,獲得單個細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài),并鑒定細(xì)胞的類型,可以在不同樣本間從細(xì)胞類型的組成和豐度角度進(jìn)行比較,反映細(xì)胞間的異質(zhì)性。而2021年橫空出世的10XGenomicsChromiumX平臺實現(xiàn)了單塊chip上的百萬級別通量的細(xì)胞捕獲,系統(tǒng)實現(xiàn)16個通道同時運行,每個通道可捕獲2000-20000個細(xì)胞(不混樣),并支持原ChromiumController體統(tǒng)外的多種細(xì)胞捕獲百萬級別通量實驗,可準(zhǔn)確鑒別稀有細(xì)胞類型和適配大規(guī)模單細(xì)胞研究。
針對單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析時的reads數(shù)、基因表達(dá)量及細(xì)胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個細(xì)胞、100G的測序量為標(biāo)準(zhǔn),每個細(xì)胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個細(xì)胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細(xì)胞類型,例如成熟的B,T,粒細(xì)胞數(shù)量較多的組織中,由于該類型細(xì)胞表達(dá)的基因數(shù)普遍較少,導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細(xì)胞等,他們的基因表達(dá)數(shù)較高,甚至可以超過1W,這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此,我們對細(xì)胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認(rèn)時,需要考察實際組織的細(xì)胞組成。烈冰測序服務(wù)已助力300余篇國際期刊研究文章發(fā)表。
基于測序的數(shù)據(jù)能夠?qū)⒄蔑@其強(qiáng)大之處,因為它能夠了解同一單細(xì)胞的多種生物分析指標(biāo)。如果說單細(xì)胞基因表達(dá)提供了一種顏色的詳細(xì)信息,那么單細(xì)胞多組學(xué)提供了同一細(xì)節(jié)的全彩色圖譜,為您帶來樣本的真實視圖。烈冰自2019年引進(jìn)的BDRhapsody單細(xì)胞平臺以來,能夠從同一單細(xì)胞中讀取細(xì)胞復(fù)雜性的多組學(xué)特征。與傳統(tǒng)方法不同,單細(xì)胞多組學(xué)簡化了您需要開展的實驗,也節(jié)省了您需要分析的樣本,而能獲得相同的結(jié)果。這不但節(jié)省了寶貴的樣本,還保證了更高的生物學(xué)準(zhǔn)確性,因為您不需要匹配拆分樣本的數(shù)據(jù)集并通過計算來推斷各個組學(xué)之間的關(guān)系。十二年測序經(jīng)驗,累計服務(wù)與5000余項重要科研項目。深圳BD單細(xì)胞服務(wù)機(jī)構(gòu)
此外,烈冰開展了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞多組學(xué)以及空間轉(zhuǎn)錄組等多種產(chǎn)品在內(nèi)的全套科研解決方案,歡迎垂詢。上海BD Rhapsody單細(xì)胞服務(wù)機(jī)構(gòu)
根據(jù)烈冰多年單細(xì)胞測序服務(wù)經(jīng)驗,為什么不建議您一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲:單細(xì)胞測序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行,而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜,通過降維(pca),無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進(jìn)行細(xì)胞聚類時需要考慮到每個細(xì)胞的基因表達(dá)模式,因此即使是相同的數(shù)據(jù),在剔除幾個細(xì)胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過多時,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù),都會對正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響,造成聚類結(jié)果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個時,數(shù)據(jù)量在100G左右時,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。上海BD Rhapsody單細(xì)胞服務(wù)機(jī)構(gòu)
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