10xGenomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個被條形碼標記的點（barcodedspots），每個點的直徑為55μm，點和點之間中心的距離為100μm，并且每個點都有一個barcode序列。組織切片的細胞中會釋放出mRNA，遷移到每個spot的mRNA會被標記上相應(yīng)的barcode序列，然后進行文庫構(gòu)建并進行測序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對數(shù)據(jù)進行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個位置，從而實現(xiàn)空間基因表達的可視化。基因測序相關(guān)產(chǎn)品和技術(shù)已由實驗室研究逐漸演變到臨床應(yīng)用，是下一個改變世界的技術(shù)。成都烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組測序
作為2019年的明星技術(shù)之一，10x Genomics單細胞測序憑借其高通量、低成本、易操作、穩(wěn)定性高等優(yōu)勢一直保持著高熱度，目前利用該平臺發(fā)表的文章已達500多篇?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)優(yōu)勢：實現(xiàn)基因表達數(shù)據(jù)與空間定位信息的結(jié)合，解析多種類型組織切片樣本中基因表達譜；無需組織解離，保留組織結(jié)構(gòu)及細胞微環(huán)境，鑒定異質(zhì)性組織中細胞類型，避免相關(guān)偏好性；可用于挖掘新的組織生物標記物；可與現(xiàn)行實驗室組織分析方法輕松對接，短時間內(nèi)即可完成切片及文庫制備流程。無錫BD Rhapsody空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化烈冰空間轉(zhuǎn)錄組測序助您深入探究細胞類型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)特征。
烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù)，深入解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果，深入挖掘其背后的生物學(xué)意義；從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究，加速科研進程！此外，烈冰生信團隊根據(jù)豐富的實戰(zhàn)經(jīng)驗為用戶量身打造了一款單細胞測序結(jié)果解讀的神兵利器——單細胞瀏覽器（SingleCellBrowser），不僅可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化，還可以實現(xiàn)分析結(jié)果的三維立體化的展示呈現(xiàn)。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰，專業(yè)的生物學(xué)意義交給專業(yè)的您！
空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可以用單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析策略進行分析，例如，利用GO和Pathway分析篩選不同發(fā)育時期特定空間區(qū)域內(nèi)的信號通路及其關(guān)鍵基因的較大情況，揭示在特定發(fā)育時期特定區(qū)域內(nèi)發(fā)生的生物學(xué)過程。針對任何一個基因，空間轉(zhuǎn)錄組可以顯示表達該基因的點陣及其空間排布；單細胞轉(zhuǎn)錄組可以給出該基因表達的細胞類群；原位測序可以給出該基因在細胞內(nèi)的表達狀況。通過不同發(fā)育時間點的信息比較，可以分析細胞類群在某個部位在不同時間點的差異，給出其在細胞內(nèi)的真實的演變狀況?？臻g轉(zhuǎn)錄組測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關(guān)系，一度成為高通量測序技術(shù)的“天花板”。
相比于常規(guī)的測序手段，空間轉(zhuǎn)錄組測序有幾個明顯的優(yōu)勢：1.將轉(zhuǎn)錄組信息與空間信息對應(yīng)，體現(xiàn)組織內(nèi)部的異質(zhì)性：每個區(qū)域獨特的條形碼使測序結(jié)果與空間位置形成一一對應(yīng)關(guān)系。雖然暫時還無法精細到單細胞層面，但是這樣的區(qū)域劃分也已經(jīng)足以展現(xiàn)出組織內(nèi)部不同區(qū)域間的轉(zhuǎn)錄組差異。2.不影響對全組織進行分析：芯片上捕獲的全轉(zhuǎn)錄組在同一個反應(yīng)中完成測序，能有效降低多次重復(fù)實驗中的誤差。測序結(jié)果如果不按照條形碼歸類，則直接體現(xiàn)的是切片全組織的轉(zhuǎn)錄組情況，無需再做單獨檢測。3.為進一步的研究提供指導(dǎo)意見：常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組測序，對后續(xù)實驗的指導(dǎo)仍然停留在全組織層面。而空間轉(zhuǎn)錄組測序則可以標識出更有價值的研究區(qū)域，引導(dǎo)研究者將組織進一步細分?？臻g轉(zhuǎn)錄組測序以分子方式定義病理，完成了病理數(shù)字化結(jié)合病理影像化的革新。無錫BD Rhapsody空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)支持
烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測序服務(wù)。成都烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組測序
單細胞測序技術(shù)是一種在單細胞水平上對基因組、轉(zhuǎn)錄組、表觀組等進行高通量測序分析的技術(shù)。單細胞測序技術(shù)能夠在組學(xué)水平揭示細胞間的異質(zhì)性。單細胞水平細胞譜系追蹤技術(shù)位居2018年Science 雜志評選的科學(xué)突破。常規(guī)單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)丟失了細胞在原組織中至關(guān)重要的空間位置信息，而單細胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在進行單細胞轉(zhuǎn)錄組測序的同時保留并記錄了細胞的空間位置信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)能夠揭示細胞間的相互作用以及細胞所處的微環(huán)境，將成為發(fā)育生物學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)、免疫生物學(xué)等領(lǐng)域的研究利器。成都烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組測序
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