上海BD VDJ單細胞多組學測序

來源: 發(fā)布時間:2022-07-26

多樣本數(shù)據(jù)合并:Fraction of Reads Kept:合并樣本時,各樣本根據(jù)Mapped Barcoded Reads per Cell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大,需要進行Downsample處理,以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平,從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數(shù)量、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!烈冰實驗室包含從樣本處理到測序下機的全套實驗平臺。上海BD VDJ單細胞多組學測序

您的珍貴樣本,可以放心依賴烈冰生物BD Rhapsody單細胞捕獲系統(tǒng),首先,該系統(tǒng)的技術原理是基于cyto-seq的微孔技術,因此不會因為樣本細胞體積太大或懸液背景太雜等問題導致捕獲通道的堵塞進而導致樣本的損失;其次,BD RhapsodyTM單細胞捕獲系統(tǒng)無電子元件,便于攜帶,當您的樣本需及時實驗時,我們可以“拎包上門”,快速的完成細胞捕獲部分,不至于珍貴樣本因細胞活性快速下降帶來的損失;在這,BD Rhapsody單細胞捕獲系統(tǒng)對細胞數(shù)量包容性較好,細胞懸液上樣量高達575ul,針對樣本中細胞數(shù)量較少的組織類型,也能完成整個項目的細胞捕獲工作。吉林BD VDJ單細胞轉錄組測序從樣本處理到終端數(shù)據(jù)分析,只要您需要,烈冰提供全流程的無憂服務。

根據(jù)烈冰多年單細胞測序服務經(jīng)驗,為什么不建議您一味的追求高細胞數(shù)量的捕獲:單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行,而細胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細胞基因表達譜,通過降維(pca),無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式,因此即使是相同的數(shù)據(jù),在剔除幾個細胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當細胞捕獲數(shù)過多時,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細胞數(shù)據(jù),都會對正常細胞聚類產(chǎn)生影響,造成聚類結果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數(shù)在3000-5000個時,數(shù)據(jù)量在100G左右時,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。

相對于Smart-Seq技術在細胞數(shù)量上的問題,BD平臺普遍提供的細胞數(shù)量都在1000-10000不等的測序細胞量,特殊研究需求的項目,可提供上限40000個細胞的捕獲量(單個樣本)。這個量級的測序細胞量已經(jīng)可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型。因此,對于基于基因表達進行準確細胞分型上,無論是從細胞數(shù)量上來說還是表達檢測可靠性來說,都會更實用。此外針對特殊項目研究,如需要捕獲和分析脆弱的細胞,如粒細胞、中性粒細胞、CAR-T細胞、干細胞、移植瘤細胞、骨髓瘤細胞等,烈冰生BD平臺也有更好的捕獲效能,滿足您的實際需求。深度的單細胞測序數(shù)據(jù)解讀助力醫(yī)療健康大時代。

烈冰生物單細胞測序服務體系,不僅提供10X Genomics和BD Rhapsody兩大國際認可的單細胞實驗平臺,在“附加”產(chǎn)品上,我們提供BD FACS Melody流式細胞儀,滿足您對特殊細胞類型的富集需求,自主研發(fā)的Panocell單細胞捕獲芯片,可兼容BD 平臺全套原裝磁珠、試劑和protocol,為您提供完整的單細胞多組學解決方案。從細胞多樣本分析和染色所需的試劑到檢測試劑盒,生物信息分析工具,和在線大數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)、精簡方案和專業(yè)團隊技術支持,烈冰生物可為您提供用于單細胞多組學甚至到空間轉錄組測序的各種工具,助您加速科研探索之旅。單細胞多組學測序可識別重要的轉錄因子,進行譜系和發(fā)育追蹤。云南BD VDJ單細胞測序

截至2022年6月,烈冰助力發(fā)表單細胞測序文章30+篇。上海BD VDJ單細胞多組學測序

所謂的高通量測序技術,又名大規(guī)模平行測序,是將 DNA(或者 cDNA)隨機片段化、加接頭,制備測序文庫,通過對文庫中數(shù)以萬計的克隆(colony)進行延伸反應,檢測對應的信號,獲取序列信息。與傳統(tǒng)測序法(Sanger法等)相比,高通量測序技術在處理大規(guī)模樣品時具有明顯的優(yōu)勢,又快(兩天)又多(數(shù)百萬克?。?,成為目前組學研究的主要技術。單細胞測序是一個系統(tǒng)的工程,開展項目前您可能會先評估它提供的見解是否與您的研究問題相匹配,如果匹配,實驗過程如何規(guī)劃,實驗平臺如何選擇,樣本如何制備,數(shù)據(jù)如何分析等等,而在這一切開始之前,我們的服務就已經(jīng)開始了,從銷售到實驗到專業(yè)技術支持,我們開通全線對接渠道,幫助您快速定位項目訴求,提供從實驗設計到文章發(fā)表的全流程,我們始終是您貼心的科學合作伙伴。上海BD VDJ單細胞多組學測序

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