多樣本數(shù)據(jù)合并：Fraction of Reads Kept：合并樣本時，各樣本根據(jù)Mapped Barcoded Reads per Cell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大，需要進行Downsample處理，以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準(zhǔn)將不同樣本中細胞測序深度標(biāo)化到同一水平，從而避免因測序深度差異導(dǎo)致的基因檢測數(shù)量、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù)，深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果，深入挖掘其背后的生物學(xué)意義；從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究，加速科研進程！烈冰生物全國五大實驗中心，多地部署B(yǎng)D Rahpsody平臺，助您的樣本更快速抵達“戰(zhàn)場”。杭州BD單細胞實驗平臺
對于單細胞測序而言，常常需要先構(gòu)建細胞圖譜，在此基礎(chǔ)上再開展后續(xù)各項分析，并且數(shù)據(jù)分析時以細胞聚類（cell cluster）為討論對象，而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象，因此單細胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴格，但是單細胞測序，特別是目的為圖譜研究時，需要通過提高樣本復(fù)雜度（增加樣本數(shù)），盡可能的構(gòu)建某一疾病類型、群體細胞圖譜信息。因此，單細胞測序?qū)嶒炘O(shè)計時首先需要保證生物學(xué)重復(fù)，不同樣本來源的樣本建議單獨進行細胞解離和捕獲、建庫、測序，以保證捕獲到足夠的細胞數(shù)，單個樣本分別捕獲細胞時，后續(xù)分析除了整體分析以外，還可以做單樣本分析，保證分析的完備準(zhǔn)確性?；茨螧D單細胞測序烈冰生物成立于2010年，專注于單細胞測序領(lǐng)域科研服務(wù)。
現(xiàn)有的單細胞測序技術(shù)陣營在幾個主要領(lǐng)域存在差別。一個是基于微流控通道的細胞與Beads的在通道內(nèi)的動態(tài)結(jié)合，通過油相水相不相容的特點將結(jié)合了的細胞和Beads進行分隔，在這個空間，單個細胞的內(nèi)容物釋放，轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引，以便下游識別。BD Rhapsody單細胞測序平臺采用靜態(tài)微孔技術(shù)（Cyto-Seq具有類似的技術(shù)原理）。通過微孔板的物理分隔，將一個個單個細胞和帶有標(biāo)簽的磁珠，一對一的“框”在微反應(yīng)的物理平臺中。這樣，每一個細胞都會結(jié)合一個磁珠，那么在每一個磁珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，這個抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫。
細胞計數(shù)和活力評估在評估樣本質(zhì)量時，需要在細胞清洗和過濾之后測定細胞活力，這一點至關(guān)重要。測定細胞活力有許多種方法，烈冰多年單細胞測序經(jīng)驗發(fā)現(xiàn)臺盼藍法在鑒定活細胞與死細胞的比例時效果很好。細胞計數(shù)的準(zhǔn)確性以及目標(biāo)回收量和實際回收量之間的一致性，取決于我們了解樣本中有多少個細胞。一旦過濾和清洗完成，可采用細胞計數(shù)設(shè)備（如血球計數(shù)器或自動細胞計數(shù)儀）進行定量。這些設(shè)備不但能提供準(zhǔn)確的細胞計數(shù)，還能計算出向微流體芯片上樣適量細胞所需的細胞懸液體積。ATCG堿基的排列組合構(gòu)成了測序的龐大世界。
針對單細胞測序數(shù)據(jù)分析時的reads數(shù)、基因表達量及細胞數(shù)量判定過程中：以捕獲5000個細胞、100G的測序量為標(biāo)準(zhǔn)，每個細胞的reads數(shù)大約在50k左右；每個細胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細胞類型，例如成熟的B，T，粒細胞數(shù)量較多的組織中，由于該類型細胞表達的基因數(shù)普遍較少，導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細胞等，他們的基因表達數(shù)較高，甚至可以超過1W，這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此，我們對細胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認時，需要考察實際組織的細胞組成。烈冰全線實驗平臺滿足超深度、大規(guī)模發(fā)現(xiàn)和復(fù)雜疾病研究的測序。長沙BD VDJ單細胞平臺
單細胞測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關(guān)系，一度成為高通量測序技術(shù)的“天花板”。杭州BD單細胞實驗平臺
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